O Linux possui suporte de leitura e escrita a vários sistema de arquivos, de diversos sistemas operacionais, além de alguns sistemas nativos. Por isso, quando o Linux é instalado em dual boot com outros sistemas (Windows, por exemplo) ou mesmo funcionando como Live CD, ele poderá ler e escrever nas partições formatadas em FAT e NTFS. Por isto, Live CDs Linux são muito utilizados na manutenção e recuperação de outros sistemas operacionais.
Entre os sistemas de ficheiros suportados pelo Linux, podemos citar FAT, NTFS, JFS, XFS, HPFS, Minix e ISO 9660 (sistema de ficheiros usado em CD-ROMs), este último também com as extensões RRIP (IEEE P1282) e ZISOFS. Alguns sistemas de ficheiros nativos são, dentre outros, Ext2, Ext3, Ext4, ReiserFS e Reiser4.Alguns sistemas de ficheiros com características especiais são SWAP, UnionFS,SquashFS, Tmpfs, Aufs e NFS, dentre outros.
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